PCR je veľmi citlivá metóda detekcie prítomnosti vírusovej RNA (pomocou PCR sa vírus detekuje na jeden alebo viac fragmentov génov). Síce môže byť detekovaný fragment génu vírusu „pozitívne nájdený“, ale je tu istá otázka – Je však táto vírusová RNA aktívna? To znamená, či má táto detegovaná vírusová RNA schopnosť reprodukcie vírusu, infekcie a nastolenie patologického procesu alebo, či sa môže vírus prenášať na iných ľudí ???
Detekcia vírusov pomocou PCR je užitočná, pokiaľ je možnosť pochopiť jej presnosť. Ponúka nám kapacitu na detekciu RNA v nepatrných množstvách, ale to, či táto RNA predstavuje infekčný vírus, nemusí byť jasné. Test PCR môže vyhľadať daný vírus, ktorý má byť cieľom detekcie, výsledkom je PCR pozitívna, zostáva tu však zásadná otázka: je tento vírus aktívny, t.j. infekčný alebo virulentný? Samotná PCR nevie na túto otázku odpovedať. Je potrebné vždy vykonať zdĺhavejšie laboratórne metódy ako detekcia na vírusových kultúrach, test plakov a imunofluorescencia. Vo vírusovej kultúre sa vírusy injikujú do laboratórnych bunkových línií, aby sa zistilo, či spôsobujú poškodenie (cytopatogenický efekt) a smrť buniek. Iba tak sa uvoľní celá skupina nových vírusových častíc, ktoré môžu infikovať ďalšie a ďalšie bunky. Ide teda o to, že ak PCR deteguje vírus v ľudskej vzorke, táto detekcia by mohla zodpovedať vírusu, ktorý dnes nie je schopný infikovať bunky a reprodukovať sa. Molekulárny biológovia môžu zistiť, či je vírus infekčný, a to tak, že ho injikujú do kultivačných buniek. Ak tieto bunky nie sú ovplyvnené vírusom a vírus sa v nich vôbec nereprodukuje, potom pomocou PCR testu bol teda zistený vírus, ktorý už nie je aktívny. To znamená, že pozitivita PCR je neinfekčná pozitivita. Pri samotných testoch PCR sa môže vyskytnúť niekoľko nezmyselných výsledkov: PCR test je pozitívny, ale bolo to spôsobené krížovou kontamináciou alebo nešpecifickými interakciami. Potom by bol test FALOŠNE POZITÍVNY, pretože vírus SARS Cov2 sa vo vzorke nenachádza. To znamená, že pozitivita PCR je skôr FALOŠNE POZITÍVNA ako SKUTOČNE POZITÍVNA. Ale to nie je jediná možnosť. Aj keď test PCR detekuje iba SKUTOČNÉ POZITÍVA v tom zmysle, že vo vzorke je prítomný vírus SARS Cov2, alebo lepšie, fragment cieľového génu, zostáva nám zistiť, či daná osoba môže infikovať ostatných ľudí alebo sa neustále infikuje osoba, ktorá vírus ponáša. Predstavte si, že vírus vstupuje do vášho tela a o pár dní až mesiacov to už s Vami nemusí nič urobiť. Rovnako nebude mať žiadny efekt na Vaše bunky, nemusí do nich vstúpiť aj keď s osobami v blízkom kontakte s nimi komunikujete alebo dokonca kýchate. Je tiež možné, že vám tento vírus jednoducho nikdy nič neurobil a od začiatku mu chýbala infekčnosť. V osobe však môžu byť stále prítomné stopy vírusu. V tomto prípade je vírus prítomný, ale neaktívny.
Správne po PCR sa to má vykonať takto: Ak bol detekovaný vírus a PCR má výsledok pozitívny, následne sa má tento vírus aplikovať do kultivačnej bunky. Ak nie je vírus schopný injikovať sa do kultivačných buniek, nemôže sa v bunkách ďalej množiť a potom už nemôže nikoho infikovať. To znamená, že aj keď ste PCR pozitívni, už nie ste nákazliví, to znamená, že vírus vo vás už nie je aktívny. Na záver, SKUTOČNÝ POZITÍV v PCR nemusí vždy znamenať, že daná osoba predstavuje pre spoločnosť akékoľvek nebezpečenstvo. Vírus sa nemôže prenášať, keď bunková kultúra preukáže, že vírus nie je infekčný. Vzťah PCR POZITÍVNE k infekčnosti nie je bohužiaľ ľahký, ak vezmeme do úvahy celú populáciu. To, či je test PCR pozitívny alebo negatívny, závisí od toho, ako sa experiment uskutočňuje. Ďalej, keďže nie je známe, či a ako pozitíva PCR korelujú s infekčnosťou a ako je potrebné túto koreláciu interpretovať, je interpretácia POZITÍVNEJ PCR nejednoznačná. Prahové hodnoty cyklu sú časy, ktoré je potrebné opakovať, aby sa dosiahol pozitívny výsledok. Čím vyššia je koncentrácia vírusu, tým sú potrebné nižšie amplifikačné cykly. Niektorí ľudia môžu mať pozitívny výsledok po vykonaní testu PCR s vysokým prahom a iní s nízkym prahom. Samotná hranica môže alebo nemusí povedať, či niekto nesie infekčnú vírusovú RNA. Tento problém s detekciou je všadeprítomný pre detekciu vírusu RNA. SARS-CoV, MERS, chrípková ebola a vírusová RNA Zika sa dajú zistiť dlho po zmiznutí infekčného vírusu, pretože inaktivovaná RNA sa v priebehu času pomaly degraduje, je možné ju ešte zistiť mnoho týždňov po rozptýlení infekčnosti. S pozitívami PCR na bezpríznakových ľuďoch by sa malo zaobchádzať opatrne, pretože je možné, že bezpríznakový ľudia nie sú infekční. A to aj vtedy, keď sú testy PCR alebo testy na protilátky pozitívne. Je to tak preto, lebo na zistenie, či je vírusová RNA schopná infikovať bunky a „množiť sa“, je vždy potrebná vírusová kultúra.
Nielen výrobcovia PCR, ale aj hlavný zakladateľ tejto metódy vždy pripomínali používateľom, že výsledok detekcie tohto produktu slúži iba na vedecké použitie a nemal by sa používať ako jediný dôkaz pre klinickú diagnostiku. Je určený na konkrétnu identifikáciu v klinických vzorkách od pacientov s príznakmi ochorenia a následne po kultivačných testoch resp. testoch na plaky a imunofluorescencií. Aj keď PCR detekuje RNA v nepatrných množstvách, pri výsledkoch je potrebné postupovať opatrne, pretože ČASTO NEZISTÍ infekčný vírus. Preto treba navrhnúť, aby vírusová kultúra, bola požadovaná ako referencia na test na infekčnosť. Je potrebné preskúmať nástup príznakov a infekčnosť v bunkovej kultúre, aby sa zvýšila prediktívna sila testov.
Pri antigénových rýchlotestoch sa radšej nebudem hlbšie vyjadrovať. Každý diagnostický test, každá kultivácia na zistenie infekčnosti a identifikácií vírusu sa musí vykonávať v prísnych laboratórnych podmienkach. Tieto metódy sú veľmi zdĺhavé (48 hod až niekoľko dní) a nie za 15 min alebo po jednom výsledku PCR. Preto sa čudujem prečo sa už dávno od týchto procedúr neupustilo alebo sa to nemalo vôbec sprostredkovať. Ešte k tomu za to pýtajú vysokú sumu. Úplne najvhodnejšie by bolo keby sa už tento vírus prestal sledovať a nechať ísť prirodzeným spôsobom.
